Dopo la firma dei preliminari di pace con l’Austria, Napoleone decide l’aggregazione dei territori della Lombardia e dell’Emilia Romagna: dall’unione delle repubbliche Transpadana e Cispadana nasce così la Repubblica Cisalpina che viene proclamata solennemente il 9 luglio 1797.
A quasi un anno dalla sua proclamazione, la Repubblica Cisalpina decide di codificare ufficialmente il proprio vessillo e con un decreto dell’11 maggio 1798 stabilisce che “La Bandiera della Nazione Cisalpina è formata di tre Bande parallele all’Asta, la prossima all’asta, verde, la successiva bianca, la terza rossa”. La risoluzione tuttavia verrà spesso disattesa e per molto tempo ancora l’accostamento e la disposizione dei tre colori saranno variabili.
Nella primavera del 1799 la vittoriosa avanzata delle armate austro-russe costringe le truppe francesi a ritirarsi. Il 3 maggio gli Austriaci rientrano a Reggio, abbattono l’albero della libertà e, sul pennone del palazzo comunale, sostituiscono il tricolore cisalpino con lo stendardo imperiale giallo e nero. La vittoria di Napoleone a Marengo ribalta nuovamente la situazione: le truppe austriache abbandonano il Piemonte e la Lombardia e viene ricostituita la Repubblica Cisalpina. La pace di Lunéville tra Francia e Austria viene celebrata anche a Reggio con una grande festa patriottica, alla quale fa da fondale scenografico una monumentale struttura architettonica eretta sul lato occidentale della Piazza Grande.