Dall’Africa iniziarono a giungere materiali sin dai tempi della direzione di Gaetano Chierici. Il primo donatore fu il capitano Vincenzo Ferrari che nel 1878 prese parte alla spedizione promossa dalla Società Milanese di Esplorazioni Commerciali, condotta da Pellegrino Matteucci. Questa raccolta di materiali abissini giunse al Museo in tempi diversi e trova dunque collocazione in sale diverse. Altri materiali dall’area del Corno d’Africa sarebbero pervenuti in seguito, sino agli anni ’50 del XX secolo. Nei primi anni del XX secolo fu il barone Raimondo Franchetti ad arricchire il Museo di due cospicue raccolte, a seguito di viaggi nell’Africa orientale (1913-1914). Nell’Africa centrale (ex Congo belga) tra il 1928 ed il 1938 i coniugi Marchi raccolsero materiali pertinenti a varie etnie (tra cui i Lulua e i Luba), che donarono nel 1951. Sono stati infine recentemente esposti (2011) i materiali che costituiscono la raccolta di Giuseppe Corona, console italiano in Congo, incaricato dal Ministero degli esteri italiano di redigere una relazione sullo sviluppo economico di quella regione.